故事讲述三位“忍蛋”在忍者学校所发生的趣事。乱太郎三人组在上课和考试中常常失败，但仍立志成为一流的忍者。学校里有性格各异的老师，高年级的天才忍者，还有古怪的校长，因而发生了许多有趣的故事。