故事内容发生在日本战国时代，出生于普通忍者家庭的乱太郎，为不负父母厚望成为精英忍者，而进入忍者学校。他就读在一丁班，并认识了新丁和小丸，三人成为了好朋友。故事内容讲述三位忍蛋在忍者学校所发生的趣事。